Учебный центр ведет в установленном порядке управленческий, статистический учет и отчетность, контролирует правильность и достоверность содержащихся в них сведений, обеспечивает проведение мероприятий по их автоматизации, представляет на утверждение Учреждению отчетность Учебного центра.
Учебный центр по месту нахождения не имеет лицевого счета в территориальных органах Федерального Казначейства. Бухгалтерская и статистическая отчетность Учебного центра ведется централизованной в Якутском районе водных путей и судоходства - филиале ФБУ «Администрация Ленского бассейна» и входит в баланс Якутского района водных путей и судоходства- филиала ФБУ «Администрация Ленского бассейна».
Министерство транспорта Российской Федерации
Росморречфлот
Федеральное агентство морского и речного транспорта
Ространснадзор
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта
Минпросвещения России
Министерство просвещения Российской Федерации
Рособрнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки
Минтруд России
Министерство труда и социальной защиты Российской Федерации
Ростехнадзор
Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору
Роспотребнадзор
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека